Shitou Haruka est une femme de 29 ans qui a perdu sa vie avec son bienaimé. Elle essaye de rechercher "quelque chose" qui était importante pour elle, et rejoint l'établissement spécial TERRA. La cible de Haruka est Kamina Ayato. C'était un lycéen de 12 ans son cadet. Cependant, cet Ayato était la personne pour qui elle a eu des sentiments avant qu'ils ne se séparent.
Haruka retrouve Ayato. Elle lui dit qu'elle lui donnera la vérité sur le monde. C'est le commencement d'une série d'événements étranges. Ayato y participe car il peut activer un mecha géant, le RahXephon. Il découvre alors que beaucoup de gens, y compris sa propre mère, ont le sang bleu et qu'il vivait dans une dimension protégée où le temps passe plus lentement que dans le monde extérieur.
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